LAB - 7.10.2008

- Prihlaste sa na stroj peleus.fi.muni.cz (heslo dostanete na cviceni)
  a pomocou programu blastall vyhladajte identitu anonymnej sekvencie
  dna_sekvence.fa
  Pouzite znizenie priority prikazom nice asi takto:

  $nice blastall -p blastn -i dna_sekvence.fa -d /usr/local/share/ncbi/wwwblast/db/ecoli.nt

  Databaza bakterie E.coli je /usr/local/share/ncbi/wwwblast/db/ecoli.nt
  Dalsie databazy su drosoph.nt, at.fna, yeast.nt, chlre1.fasta
  a pre proteiny pdbaa

- Napiste program v lubovolnom jazyku, ktory analyzou vystupu programu BLAST 
  vypise kod, polohu, dlzku a skore vsetkych podobnosti k vlaknu DNA zadanemu 
  na prikazovom riadku

  Asi takto:

  $myscript.pl minus < blast_results.txt
  AE000485 1699 17 34.2
  AE000485 1723 17 34.2
  AE000240 3743 17 34.2

- ## Vytvorte program v lubovolnom jazyku, ktory pre lubovolny vystup programu 
  BLAST zobrazi kumulativnu distribucnu funkciu skore napr. takto:

       0123456789
  MAX |*
  ...
   23 |     *
   22 |       *
   21 |        *
  ...
  MIN |         *

  P.S.
  Porozmyslajte aky tvar by mala mat tato funkcia vzhladom na vzorec pre 
  E-value z prednasky a overte si svoj predpoklad na realnych datach.
  Porovnajte tvar funkcie pre hladanie sekvencie doleziteho proteinoveho
  motivu a nahodnej sekvencie.