LAB 6 - 21.10.2008

Ucelom cvicenia bude zoznamit sa s moznostami zobrazovania molekularnych
struktur a detailnejsie potom s programom PyMol. V nasledujucich troch 
tyzdnoch sa tiez zoznamite s jazykom Python, pouzivanim modulov so zvlastnym 
dorazom na Biopython a Pylab a pracu s molekularnymi datami.

Okrem programu Pymol existuju dalsie prehliadace PDB suborov pre Windows 
napr. k dispozicii na adrese http://www.proteinscope.com
Kompletny zoznam serverov dostupnych on-line je v ISe na strankach
kurzu (URL=http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_structural_alignment). 
Pekne funguje napr. server FATCAT (http://fatcat.burnham.org/).

Poznamka: Najlepsie nastroje v tejto oblasti nie su dostupne cez Internet, 
pokial by ste mali zaujem o robustne prostredie na podobne vypocty, stoji za 
namahu instalovat si baliky typu Rasmol, Chime, VMD, GROMACS, SWISS PDB VIEWER 
a podobne.

1) Porovnajte PDB struktury z prednasky (1ULA:_ a 1A69:A) pomocou viacerych 
on-line nastrojov. Vsimajte si RMSD, % zarovnanych aminokyselin,
pouzity algoritmus, rok spustenia sluzby, zobrazenie vystupu a moznost 
uchovania vysledkov ako PDB subor.

2) Na pocitacoch v ucebni B116 je instalovany program PyMol na pracu s PDB
subormi. Rovnaky program je instalovany na fakulte pod Unixom, 
spristupnite si ho prikazom
  module add pymol-0.99
a spustite prikazom
  pymol

Vyskusajte si zaklady prace s molekulami:
Pomocou Plugin "PDB Loader Service" nahrajte do programu molekuly 1ULA a 1A69
z prednasky.
skuste nasledovne prikazy:
hide all
select mol1, /1ULA///
select mol2, /1A69//A/
show ribbon, mol1
show ribbon, mol2
zoom mol1 or mol2
align mol1,mol2
zoom mol1 or mol2
color red, mol1
color white, mol2

3) Vyskusajte si funkciu jednoduchych skriptov v Pythone (kapitola 2, hlavne 
cvicenia cislo 2.1, 2.5 a priklad 2.9 v materiali 
http://www.pasteur.fr/recherche/unites/sis/formation/python/index.html)