LAB 8 - 14.11.2006

- Adresa pre vypocet Tm oligonukleotidov 
    URL=http://grup.cribi.unipd.it/cgi-bin/HLA/melting/melting.pl

- Vypocitajte Tm oligonukleotidu ACGATGATGCGATGACGTG
  Na Internete existuje velky pocet CGI skriptov, ktore pouzivaju niektoru 
  z publikovanych metod. My budeme pouzivat program kolegov z Padovy,
  ktory ma zaujimave funkcie - umoznuje vypocet Tm pre oligonukleotidy,
  ktore nie su 100% komplementarne, porovnava vypocty podla viacerych 
  metod, zobrazuje % denaturovaneho oligonukleotidu pri teplote 
  odlisnej od Tm

- Ako sa zmeni Tm zamenou jednej pozicie v template, to znamena ak nemame
  100% komplementarny par oligonukleotidov?

- V akom stave sa bude nachadzat system troch oligonukleotidov A=CGCGCGCGCG,
  B=CGCGAGCGCG a C=CGCGCTCGCG pri teplote 55oC  a 65oC.
  Zjednodusene uvazujeme, ze oligonukleotidy budu tvorit len duplexy (ake 
  ine struktury mozu este vznikat?).
  Pouzite on-line vypocet Tm a program interpolate.pl na vypocet % denaturacie 
  pri urcitej teplote. Pouzite program vypocet.pl na riesenie rovnic pre 
  tri oligonukleotidy. 

- Kolko rovnic je treba riesit pre 1,2,3 a n oligonukleotidov?

- ## Simulacia PCR: http://elanor.sci.muni.cz/cgi-bin/vpcr2.cgi
  (pouzijete genom A.thaliana a metodu hladania podobnosti BLAST)
  Ake rozmedzie teplot annealingu (s presnostou na 0.5oC) mozeme bezpecne 
  pouzit pre par primerov gttgattctctctatctctctcacga a 
  cacaccaccattttacatatctctc, aby reakcia PCR bola specificka pre jeden usek 
  DNA, ale zaroven este dochadzalo k amplifikacii? Z akeho genu je usek, 
  ktory amplifikuju tieto primery?

- ## kolko najviac odlisnosti moze byt medzi templatom a oligonukleotidom 
  dlzky 25, aby % duplexov oligo/templat pri teplote Tm(oligo/oligo) nekleslo 
  pod hodnotu 1.0? (Takto postavena otazka ma vyznam napr. pri 
  rieseni problemu sekvenovania pomocou hybridizacie na DNA cipoch)

  Priklad: ACAGTACAGT/ACTGTACTGT ma Tm pri standartnych podmienkach 32.75oC
  Teraz zamenime T na tretej pozicii templatu za G
  ACAGTACAGT/ACGGTACTGT ma Tm pri standartnych podmienkach 17.62oC a pri 
  teplote 32.75oC je len 0.7379% oligonukleotidu naviazaneho na templat
  Poslite e-mailom konkretny pripad.