Cviceni 18.11.2008

Mame sadu kratkych sekvenci, o kterych vime, ze pochazeji z nahodne ziskanych 
fragmentu nejake vetsi sekvence. 

ACGCATCGAGCA
GATGCAGCGACTC
CGCGCATGCGCG
GCTACGACGCATC
GCAGCTACGACG
ACTCGCAGCGATC
ATCGCGCATGC
TGCGCGCATCGC
TGCGATGCGAG
AGCTACGACGCAT
GATGCGATGCGA
ACGATGCGA
GATGCGAGCAGCG
GCAGCGCGAT

- Vytvorte graf, ktereho vrcholy budou spolecne sekvence mezi fragmenty
a hrany budou zadane sekvence. Muzete si pomoci programem webdot
ze sady graphviz:

http://www.pinboard.com/mp/webdot

Definice grafu muze vypadat nejak takto:

digraph G {

edge [label = "ACGCATAC"]
ACG -> TAC
edge [label = "TACCATAAT"]
TAC -> AAT

}

Experimentujete s ruzne zvolenou delkou spolecnych sekvenci.

- Podobnym zpusobem vytvorte graf, ktereho vrcholy budou zadane sekvence

- Vytorte program, ktery precte uvedene sekvence. Z techto fragmentu at Vas 
program tu vetsi sekvenci zrekonstruuje.

## - vytvorte podobny program, ale s tim, ze pozname vzorovou sekvenci, ktera
je hledane sekvenci podobna (lisi se v nekolika malo nukleotidech)

Jak odolne jsou Vase programy na pripady, kde se v hledane sekvenci vyskytuji
opakovane sekvencni motivy?