Do nastroje COPASI nactete tento model. Model predstavuje katalytickou reakci typu Michaelis-Menten modelovanou pomoci mass action:
V modelu jsou hodnoty kinetickych konstant nastaveny k1=0.1, k2=1, k3=1. Jako globalni kvantity (Model->Biochemical->Global Quantities) jsou vyjadreny konstanty Vmax (maximalni produkce) a Km (koncentrace substratu pri polovicni produkci). Globalni kvantita "epsilon" popisuje presnost zjednoduseneho modelu Michaelis-Menten (viz prednaska). Spustite-li Tasks->Time Course simulaci, zobrazi se tri grafy:
Provedte simulace pro ruzna nastaveni parametru dle nasledujiciho scenare (kazde z nize uvedenych nastaveni vychazi z puvodniho nastaveni modelu -- modifikovan je tedy pouze uvedeny parametr):
Do nastroje COPASI nactete tento model. Model predstavuje zjednodusenou verzi katalyticke reakce z predchoziho prikladu:
V modelu jsou hodnoty parametru nastaveny Vmax=100, Km=22, coz vychazi z puvodniho nastaveni mass action modelu (viz predchozi priklad). Vsimnete si, ze model obsahuje pouze jednu reakci "r1". Tato reakce pouziva pravidlo "Henri-Michaelis-Menten", ktere jsme probirali na prednasce. Parametr V je zde ekvivalentem naseho Vmax. Spustite-li Tasks->Time Course simulaci, zobrazi se dva grafy:
Provedte simulaci pro kazdou ze ctyr variant nastaveni parametru uvazovanych v predchozim prikladu. Pro kazdou variantu nastavte spravne hodnoty parametru Vmax a Km. Vysledne grafy porovnejte s prislusnymi grafy mass action modelu. Ve ktere situaci je zjednoduseny model nejblize mass action modelu?
Do nastroje COPASI nactete postupne modely mapk1 a mapk2 a porovnejte vysledky simulaci (Time Course). Jedna se o zjednodusene kineticke modely signalnich drah inspirovane publikaci: "Negative feedback and ultrasensitivity can bring about oscillations in the mitogen-activated protein kinase cascades." Kholodenko BN, Eur. J. Biochem.2000:267(6):1583-8 PubMed
