Cvičení -- modelovani transkripcni regulace

Úkol 1

Pomoci nastroje COPASI vytvorte deterministicky model transkripcni regulace nasledujici kaskady genu:

Hint: Uvazujte nasledujici reakce.

protein X	X ->	-> X
protein Y	Y ->	-> Y; X
protein Z	Z ->	-> Z; Y

Pro reakce bez modifikatoru pouzijte standardni pravidlo mass action kinetiky. Pro reakce s modifikatory vytvorte novou uzivatelsky definovanou funkci popisujici odpovidajici regulacni jev.

Uvazujte nasledujici nastaveni pro simulaci:

• X(0)=Y(0)=Z(0)=0
• produkcni konstantu shodne u vsech proteinu (1)
• degradacni konstantu uvazujte shodne u vsech proteinu (0.1)

Pozorujte chovani jednotlivych proteinu v case. Jak se lisi doba odezvy proteinu Z od doby odezvy proteinu X? Jaka by byla doba odezvy proteinu Z, kdyby nebyl regulovan?

Úkol 2

Pomoci nastroje COPASI vytvorte deterministicky model transkripcni regulace nasledujici kaskady genu:

Uvazujte nasledujici nastaveni pro simulaci:

• X(0)=10
• Y(0)=Z(0)=0
• produkcni konstantu shodne u vsech proteinu (1)
• degradacni konstantu uvazujte shodne u vsech proteinu (0.1)

Pozorujte chovani jednotlivych proteinu v case. Jak se lisi doba odezvy proteinu Z od doby odezvy proteinu Y? Jaka by byla doba odezvy proteinu Z, kdyby nebyl regulovan?