Cvi�en� -- transkrip�n� motivy typu FFL

�kol 1

Uva�ujme koherentn� FFL motiv:

Vymodelujte dynamiku chov�n� tohoto motivu pomoc� n�stroje COPASI. Regul�tor X uva�ujte konstantn� (typ prom�nn� "fixed"), Y a Z budou prom�nn� typu "reaction"). Predpokladejte konstantni pritomnost signalu sigX a sigY (jejich prubeh nemodelujte). Uva�ujte Y i Z s nulovou b�zovou (neregulovanou) produkc�. Zvolte produk�n� a degrada�n� konstanty protein� Y a Z shodn� k = 1, g = 0.1. Prahov� koncentrace regulac� uva�ujte shodn� K = 5. Zobrazte pr�b�hy koncentrac� pro n�sleduj�c� po��te�n� podm�nky:

1. X = 0, Y = 10, Z = 10
2. X = 10, Y = 0, Z = 0

�kol 2

Pomoc� funkce "parametr scan" n�stroje COPASI analyzujte, jak se m�n� chov�n� p��slu�n� inici�ln�m podm�nk�m (2) z p�edchoz�ho �kolu vzhledem k r�zn�m nastaven�m parametru K.

Hint: Model motivu C1FFL vhodny pro reseni tohoto prikladu je vzorove zpracovan v tomto souboru (format COPASI).