Cvičení -- transkripční motivy typu FFL

Úkol 1

Uvažujme koherentní FFL motiv:

Vymodelujte dynamiku chování tohoto motivu pomocí nástroje COPASI. Regulátor X uvažujte konstantní (typ proměnné "fixed"), Y a Z budou proměnné typu "reaction"). Predpokladejte konstantni pritomnost signalu sigX a sigY (jejich prubeh nemodelujte). Uvažujte Y i Z s nulovou bázovou (neregulovanou) produkcí. Zvolte produkční a degradační konstanty proteinů Y a Z shodně k = 1, g = 0.1. Prahové koncentrace regulací uvažujte shodně K = 5. Zobrazte průběhy koncentrací pro následující počáteční podmínky:

1. X = 0, Y = 10, Z = 10
2. X = 10, Y = 0, Z = 0

Úkol 2

Pomocí funkce "parametr scan" nástroje COPASI analyzujte, jak se mění chování příslušné iniciálním podmínkám (2) z předchozího úkolu vzhledem k různým nastavením parametru K.

Hint: Model motivu C1FFL vhodny pro reseni tohoto prikladu je vzorove zpracovan v tomto souboru (format COPASI).