Oslava milníku ve sledování buněk: Michal Kozubek a jeho kolegové v Nature Methods
Profesor Michal Kozubek a tým vědců nejen z FI MU v červenci publikovali průlomový vědecký článek v prestižním časopise Nature Methods. Článek s názvem "The Cell Tracking Challenge: 10 years of objective benchmarking"; představuje významný milník v oblasti sledování a segmentace buněk.
The Cell Tracking Challenge: Deset let pokroku
Výzva Cell Tracking Challenge (CTC) je pokračující iniciativa, která se stala základním kamenem ve vývoji algoritmů pro segmentaci a sledování buněk. Automatizované sledování buněk je jedním z nejdůležitějších nástrojů v biologickém výzkumu a lékařství. CTC, která byla zahájena v roce 2013, poskytuje platformu pro objektivní hodnocení automatizovaných algoritmů pro sledování buněk. Nabízí bohaté úložiště anotovaných datových souborů, které obsahují vícerozměrná časosběrná mikroskopická videa, a stanovuje standard pro hodnocení těchto komplexních algoritmů.
Od poslední zprávy z roku 2017 provedl tým několik pozoruhodných vylepšení. Mezi ně patří:
Byl zaveden specializovaný benchmark zaměřený výhradně na segmentaci buněk.
Úložiště datových sad bylo rozšířeno o nové datové sady, které zvyšují jeho rozmanitost a komplexnost. Ze 13 datových sad v roce 2017 se nyní úložiště může pochlubit 20 datovými sadami, které představují různé typy buněk a zobrazovacích metod. Nové datové sady zahrnují 2D a 3D časosběrná videa různých typů buněk, což zvyšuje její diverzitu a komplexitu.
Byl vytvořen nový referenční korpus založený na nejkonkurenceschopnějších výsledcích, který bude užitečný zejména pro strategie hlubokého učení náročné na data.
Oblast automatizovaného sledování buněk prošla v průběhu let významnými změnami. Cell Tracking Challenge poskytuje cenný pohled na aktuální stav a budoucí směřování v oblasti automatizovaného sledování buněk. Zatímco bylo dosaženo značného pokroku, stále je před vědci řada výzev, které je třeba překonat. Pro IT specialisty v oblasti strojového učení a analýzy obrazu je tato doba plná příležitostí pro inovace a výzkum.
Z FI MU se na této výzkumné práci podíleli prof. Michal Kozubek a jeho kolegové z CBIA (Centra analýzy biomedicínského obrazu) – doc. Martin Maška, dr. Vladimír Ulman, Mgr. Tereza Nečasová, doc. Petr Matula a Mgr. Filip Lux. Všem vědcům k tomuto úspěchu srdečně blahopřejeme. Tento projekt je nejen důkazem kvality výzkumu prováděného na Fakultě informatiky, ale také významným přínosem pro širší vědeckou komunitu.
Pokud se chcete do tohoto fascinujícího tématu ponořit hlouběji, tak je celý článek k dispozici v časopise Nature Methods. Článek byl online publikován v květnu, v řádném čísle se objevil v červenci.
Obr. e, Fluo-C3DH-A549-SIM. f, Fluo-N3DL-TRIC (due to the cartographic post-production of this dataset, the spatial resolution varies with position in the image between 0.10 and 0.76 µm per pixel; thus, a fixed-size bar is inappropriate for this dataset). g, Fluo-N3DL-TRIF. Fig. 1: CTC datasets added after 2017. In: KOZUBEK, Michal, Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO a další. Nature methods: techniques for life scientists and chemists. Nature Methods [online]. 2023 [cit. 2023-09-25]. Dostupné z: doi:https://doi.org/10.1038/s41592-023-01879-y
- Webová adresa
- Přílohy
