Pokyn pro poskytování účelových finančních prostředků ze státního rozpočtu projektům
programů výzkumu a vývoje Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy (dále jen „Pokyn")
byl schválen vedením Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy (dále jen „zadavatel")
dne 5.11.1996. Znění Pokynu ministerstva vychází ze zákona č. 300/1992 Sb. o státní podpoře
výzkumu a vývoje, ve znění zákona č. 1/1995 Sb. (úplné znění vyhlášeno pod č. 2/1995 Sb.,
dále jen „zákon") a z navazujících Pravidel pro poskytování účelových finančních prostředků
ze státního rozpočtu na podporu projektů výzkumu a vývoje, schválených usnesením vlády ČR
ze dne 3. ledna 1996 č. 27 (dále jen „Pravidla vlády"). 

Znění Pokynu odráží požadavek kontroly a hodnocení návrhů projektů výzkumu a vývoje
(dále jen „projekty"), průběhu řešení projektů a zpráv o řešení projektů. 

Předkládaný pokyn je úmyslně podrobný a na řadě míst se vysvětlení opakují. Text je
upraven tak, aby nevyžadoval neustálé hledání podle odkazů na jiné části Pokynu, aby
poskytl co nejpodrobnější informace. 

1. Zadavatel navrhuje cíle programu výzkumu a vývoje Radě vlády ČR pro výzkum a vývoj. Po projednání a schválení cílů programu Radou vlády ČR pro výzkum a vývoj zadavatel vyhlašuje veřejnou soutěž na návrhy projektů výzkumu a vývoje, které naplňují cíle vyhlášeného programu.
2. Poskytování podpory projektům výzkumu a vývoje je stanoveno zákonem a Pravidly vlády. 
3. Zadavatel poskytuje finanční podporu projektům naplňujícím programy vyhlášené zadavatelem, řešeným jak ve státním, tak i v nestátním sektoru.
4. Financováním výzkumu a vývoje z účelových prostředků se výběrovým způsobem doplňuje institucionální financování ze státního rozpočtu a financování z podnikových, resortních nebo soukromých zdrojů. 
5. Účelové finanční prostředky na řešení projektů (dále „finanční prostředky") jsou určeny výhradně k úhradě přímých nákladů na řešení projektů. Jsou dvě formy poskytování finančních prostředků :
a) účelová dotace, 
b) návratná finanční výpomoc projektům, které mají komerční výstupy. Návratná finanční výpomoc je bezúročná a je splatná v pěti ročních splátkách počínaje druhým rokem po ukončení řešení projektu a nemá přesahovat 50 % z celkových nákladů na řešení projektu v kalendářním roce.
6. Zadavatel vyhlašuje veřejnou soutěž na podávání návrhů projektů v denním tisku a prostřednictvím počítačové sítě INTERNET. Ve vyhlášení jsou uvedeny v souladu s Pravidly vlády : 
a) cíle programu, pro který je vypisována veřejná soutěž na podávání návrhů projektů, 
b) důvody k vyloučení návrhů projektů z hodnocení,
c) lhůta pro podání návrhů projektů a způsob oznámení výsledků veřejné soutěže,
d) pravidla a kriteria pro hodnocení návrhů projektů,
e) sdělení, že na poskytnutí prostředků na řešení projektů není právní nárok,
f) místo, kde lze získat bližší informace o předkládání návrhů projektů.
7. Proces mezi podáním návrhu projektu a oznámením výsledku veřejné soutěže se nazývá výběrové řízení.
8. Návrh projektu je soubor dokumentů obsahující všechny informace potřebné k posouzení kvality navrhovaného projektu, předpokladů navrhovatele a jeho spolupracovníků navrhovaný projekt řešit, posouzení přiměřenosti finančních požadavků na podporu projektu, přiměřenosti navrhované délky řešení projektu a další údaje pro administrativní zpracování návrhu projektu.
9. Návrh projektu může podat fyzická osoba nebo právnická osoba. Tato osoba je navrhovatelem projektu. Jedna osoba může být navrhovatelem více projektů. Podílí-li se na řešení navrhovaného projektu několik fyzických osob nebo několik právnických osob, je jedna z nich navrhovatelem, ostatní jsou spolunavrhovateli (zaměstnanci navrhovatele nejsou spolunavrhovateli, ale spolupracovníky v pracovním týmu). Navrhovatel musí určit řešitele projektu. 
10. Přidělení finančních prostředků projektu nevylučuje možnost získání dalších finančních prostředků na řešení projektů z alternativních zdrojů, včetně zahraničních. V návrhu projektu je však třeba uvést, jaké finanční prostředky navrhovatel již obdržel nebo o jaké další žádá. 
11. Maximální doba řešení projektu je uvedena při vyhlášení veřejné soutěže.
12. Návrh projektu podepisuje zástupce organizace, ve které bude projekt řešen. Tím stvrzuje, že souhlasí
a) s řešením projektu na daném pracovišti, 
b) se složením řešitelského týmu, 
c) s navrženým rozdělením požadovaných finančních prostředků,
d) s tím, že v případě uzavření smlouvy na řešení projektu ponese odpovědnost za hospodaření s finančními prostředky na řešení projektu a bude provádět kontrolu jejich využívání,
e) s tím, že vynaloží na řešení projektu prostředky uvedené v návrhu projektu,
f) s tím, že v souladu se smlouvou převede finanční prostředky na spolunositele. 
13. Pokud je navrhovaný projekt ve výběrovém řízení vybrán k finanční podpoře a k uzavření smlouvy o řešení projektu, stává se navrhovatel nositelem projektu a spolunavrhovatel spolunositelem projektu. Nositel projektu odpovídá zadavateli projektu za hospodárné čerpání finančních prostředků z hlediska dodržení struktury výdajů schválené zadavatelem i v obecném hospodářsko-právním smyslu. Řešitel odpovídá nositeli za odbornou stránku řešení projektu.
14. S nositelem projektu uzavře zadavatel smlouvu o řešení projektu (dále jen „smlouva"). Smlouva se uzavírá na celou dobu řešení projektu. Smlouva musí obsahovat (v souladu s Pravidly vlády) :
a) smluvní strany (tj. zadavatele, nositele a řešitele)
b) název a identifikační kód projektu,
c) jméno, příjmení a rodné číslo řešitele,
d) dobu řešení projektu,
e) celkové náklady na řešení projektu, objem prostředků hrazených ze státního rozpočtu a jeho specifikaci podle let, u návratné finanční výpomoci i splátkový kalendář,
f) cíle projektu a jeho předpokládané výsledky,
g) způsob zúčtování poskytnutých prostředků,
h) rozsah důvěrnosti údajů a způsob nakládání s nimi podle zvláštních předpisů  ,
i) sankční opatření z porušení smlouvy,
j) datum účinnosti smlouvy, 
k) podpisy smluvních stran,
l) další náležitosti dohodnuté smluvními stranami.
15. Po skončení výběrového řízení uveřejní zadavatel seznam přijatých projektů.
16. Průběh řešení projektu je kontrolován zadavatelem na základě průběžných zpráv, které nositel každoročně v předepsaném termínu předkládá zadavateli. Na základě jejich vyhodnocení rozhodne zadavatel o přidělení finančních prostředků pro další období řešení projektu.
17. Náklady na průběžné a závěrečné oponentní řízení ani náklady na odměny za vypracování oponentních posudků nelze zahrnout do nákladů na řešení projektu. Hradí se z prostředků nositele projektu. Náklady na výběrové řízení jsou hrazeny z prostředků zadavatele.
18. Agendu spojenou s administrací projektů vykonává útvar ministerstva uvedený při vyhlášení veřejné soutěže.