Úvod do Systémové biologie

Cvičení -- vyhledávání znalostí z biologických databází

Úkol 1

Uvažujme následující soubor popisující strukturu proteinu: protein.pdb . Soubor byl získán z proteinové banky (http://www.rcsb.org/pdb/).

Zjistěte, jakou má tento protein funkci v organismu E. coli.

Získejte sekvenci aminokyselin tohoto proteinu ve formátu FASTA.

Hint: Obě požadované informace lze získat přímo z proteinové banky.

Úkol 2

Mějme následující FASTA sekvenci aminokyselin:

SVVEEHGQLSISNGELVNERGEQVQLKGMSSHGLQWYGQ
FVNYESMKWLRDDWGINVFRAAMYTSSGGYIDDPS
VKEKVKEAVEAAIDLDIYVIIDWHILSDNDPNIYK
EEAKDFFDEMSELYGDYPNVIYEIANEPNGSDVTW
GNQIKPYAEEVIPIIRNNDPNNIIIVGTGTWSQDV
HHAADNQLADPNVMYAFHFYAGTHGQNLRDQVDYA
LDQGAAIFVSEWGTSAATGDGGVFLDEAQVWIDFM
DERNLSWANWSLTHKDESSAALMPGANPTGGWTEA
ELSPSGTFVREKIRES

Zjistěte jaký enzym reprezentuje včetně jeho EC čísla (např. http://www.ebi.ac.uk/Tools/blast2/).
Zjistěte jméno některého genu v němž je tento enzym zakódován.
Nalezněte informace o tomto enzymu v databázi http://www.ebi.ac.uk/intenz/ a najděte informace o příslušné metabolické reakci (http://metacyc.org).
Pomocí http://www.genome.jp/kegg/ (vyhledávání dle enzymu) prozkoumejte metabolické dráhy, v nichž se tento enzym projevuje a zjistěte, zda enzym participuje v metabolismu E. coli K12. Porovnejte s informacemi na http://ecocyc.org.