Bioinformatika
Garant: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
Obor je určen pro studenty, kteří chtějí získat vedle všeobecných poznatků z informatiky i nejnovější znalosti v dynamicky se rozvíjejících oborech bioinformatika a výpočetní systémová biologie. Absolvent oboru tak bude připraven pro praktickou či výzkumnou práci v tandemu informatik-biolog. Uplatní se v pozicích vyžadujících kooperaci mezi týmy odborníků z těchto dvou oblastí. V rámci oboru je možná specializace vhodnou volbou povinně volitelných předmětů. Je možné se zaměřit buď na zpracování, ukládání a analýzu genomických a proteomických dat nebo na využití formálních metod pro analýzu a predikci chování biologických systémů.
Požadavky
- Získat nejméně 120 kreditů za celou dobu studia a složit státní zkoušku.
- Získat 20 kreditů za předmět SDIPR a obhájit diplomovou práci, viz pokyny.
- Absolvovat všechny povinné předměty oboru nejvyšší formou ukončení.
Povinné předměty
- IV108 Bioinformatika II (2+2 kr.)
- PA017 Softwarové inženýrství II (2+2 kr.)
- PA054 Formální modely v systémové biologii (2+2 kr.)
- PA055 Vizualizace komplexních dat (2+2 kr.)
- PA103 Objektové metody návrhu informačních systémů (2+2 kr.)
- PA152 Efektivní využívání databázových systémů (2+2 kr.)
- PA159 Počítačové sítě a jejich aplikace I (2+2 kr.)
- PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii (2+2 kr.)
- PV056 Strojové učení a dobývání znalostí (3+2 kr.)
- PřF:M4180 Numerické metody I (4+2 kr.)
Povinně volitelné předměty
- alespoň 2 z:
- MA002 Matematická analýza (4+2 kr.)
- MA007 Matematická logika (3+2 kr.)
- MA009 Algebra II (4+2 kr.)
- MA010 Graph Theory (3+2 kr.)
- MA012 Statistika II (4+2 kr.)
- MA015 Graph Algorithms (3+2 kr.)
- MV008 Algebra I (4+2 kr.)
- MV011 Statistika I (4+2 kr.)
- PřF:M7130 Geometrické algoritmy (2+2 kr.)
- PřF:M9100 Numerické metody řešení obyčejných diferenciálních rovnic (3+2 kr.)
- alespoň 3 z:
- alespoň 15 kreditů v jedné ze následujících skupin:
- volba Analýza molekulárních dat:
- IV106 Bionformatics seminar (1+1 kr.)
- IV110 Projekt z bioinformatiky I (2+1 kr.)
- PA010 Počítačová grafika (2+2 kr.)
- PA128 Similarity Searching in Multimedia Data (2+2 kr.)
- PřF:C4660 Základy fyzikální chemie (2+2 kr.)
- PřF:C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I (2+2 kr.)
- PřF:C7920 Struktura a funkce proteinů (2+2 kr.)
- volba Systémová biologie:
- volba Analýza molekulárních dat:
Doporučený průchod studiem
Analýza molekulárních dat
1. semestr
- IV108 Bioinformatika II (2+2 kr.)
- PA017 Softwarové inženýrství II (2+2 kr.)
- PA055 Vizualizace komplexních dat (2+2 kr.)
- PA159 Počítačové sítě a jejich aplikace I (2+2 kr.)
- PřF:C7790 Počítačová chemie a molekulové modelování I (2+2 kr.)
- Volitelný předmět I (5 kr.)
- Volitelný předmět M (5 kr.)
2. semestr
- PA103 Objektové metody návrhu informačních systémů (2+2 kr.)
- PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii (2+2 kr.)
- PřF:C4660 Základy fyzikální chemie (2+2 kr.)
- PřF:M4180 Numerické metody I (4+2 kr.)
- Volitelný předmět I (5 kr.)
3. semestr
- IV110 Projekt z bioinformatiky I (2+1 kr.)
- PA010 Počítačová grafika (2+2 kr.)
- SDIPR Diplomová práce (10 kr.)
- Volitelný předmět I (5 kr.)
- Volitelný předmět M (5 kr.)
4. semestr
- PA054 Formální modely v systémové biologii (2+2 kr.)
- PA152 Efektivní využívání databázových systémů (2+2 kr.)
- PV056 Strojové učení a dobývání znalostí (3+2 kr.)
- SDIPR Diplomová práce (10 kr.)
Systémová biologie
1. semestr
- IV108 Bioinformatika II (2+2 kr.)
- PA017 Softwarové inženýrství II (2+2 kr.)
- PA055 Vizualizace komplexních dat (2+2 kr.)
- PA159 Počítačové sítě a jejich aplikace I (2+2 kr.)
- Volitelný předmět I (5 kr.)
- Volitelný předmět M (5 kr.)
2. semestr
- IV120 Spojité a hybridní systémy (3+2 kr.)
- PA103 Objektové metody návrhu informačních systémů (2+2 kr.)
- PB051 Výpočetní metody v bioinformatice a systémové biologii (2+2 kr.)
- PB172 Seminář ze systémové biologie (2+1 kr.)
- PřF:M4180 Numerické metody I (4+2 kr.)
- Volitelný předmět I (5 kr.)
3. semestr
- PA183 Projekt ze systémové biologie (2+1 kr.)
- PV225 Laboratoř systémové biologie (3+1 kr.)
- SDIPR Diplomová práce (10 kr.)
- Volitelný předmět I (5 kr.)
- Volitelný předmět M (5 kr.)